物質の性質のうち，生物の特徴，つまり生命活動(代謝とか，生殖とか，成長とか，老化とか，病気とか，死とか)に関係する性質を生理活性といいます．

これでは漠然としすぎてますから，L-グルタミン酸を例に説明しましょう．

L-グルタミン酸が水にどれくらい溶けるか(溶解度)，何度に熱すれば融解するか(融点)または分解するか(分解点)，無水酢酸との反応で何ができるか，などの性質は物理化学的性質です．これに対し，ある種のニューロン(神経細胞)でL-グルタミン酸が神経伝達物質として働く，というのはL-グルタミン酸の生理活性です．物理化学的性質は，どんな生き物から取出したL-グルタミン酸でも，化学合成でつくったL-グルタミン酸でも同じですが，生理活性は生きものの種類によって違うことがあります．それどころか，同じヒトの細胞でも，細胞の種類によってL-グルタミン酸の生理活性は同じこともあるし，違う場合もあります．舌の表面の特殊な細胞に触れると《旨い》という感覚が発生するのもL-グルタミン酸の生理活性です．

ちょっと専門的になりますが，シトクロムcというタンパクは，同じ細胞の中でも居場所によって生理活性が違います．細胞のミトコンドリア内膜と外膜の間の狭いスペースにいるときは電子伝達タンパクとして呼吸を助けATPをつくるお手伝いをするタンパクですから，まさにシトクロムcのお陰で生きていられるようなものです．だけど一旦シトクロムcがミトコンドリアから漏れ出すと(まだ同じ細胞の中にいるのに)，今度はアポトーシスという細胞自殺の引き金を引くタンパクに変身です．つまり，シトクロムcの生理活性は，ミトコンドリアでは呼吸を助ける電子伝達作用であり，ミトコンドリア外ではアポトーシスの誘発作用です．